تروفوزوئیت این انگل تقریبا به اندازه‌ی تروفوزوئیت انتامبا هیستولیتیکا است (۱۵ تا ۲۰ میکرون). سیتوپلاسم آن گرانولر و غالبا حاوی واکوئل‌های زیادی و فاقد گلبول قرمز (مگر در شرایط خاص) می‌باشد. در مقایسه با انتامبا هیستولیتیکا حرکت کند و آهسته‌ای دارد. در حالت رنگ‌آمیزی شده مرفولوژی هسته قابل افتراق از انتامبا هیستولیتیکا است. کیست‌های این تک‌یاخته ۱۰ تا ۳۵ میکرون قطر دارند و تعداد هسته درون کیست از ۱ تا ۸ عدد متغیر است.

مهم‌ترین گونه از جنس انتامبا و میزبان اصلی آن انسان است. تروفوزوئیت‌ها در روده بزرگ میزبان مستقر شده و اندازه آن‌ها ۱۰ تا ۲۰ میکرون است. هسته تروفوزوئیت پس از تبدیل شدن به کیست دو بار تقسیم می‌گردد و چهار هسته تولید می‌کند. اندازه متوسط کیست ۱۲ میکرون است. کیست مرحله آلوده کننده آمیب است. انگل بعد از بیرون آمدن از حالت کیستی به یک آمیب ۴ هسته‌ای تبدیل می‌شود. هسته‌ها وسیتوپلاسم تقسیم می‌گردند و ۸ آمیب کوچک تک هسته‌ای ایجاد می‌کنند که به روده بزرگ رفته و تا حد طبیعی خود رشد می‌کنند. سپس در صورت بیماریزا شدن در روده بزرگ یا بافت‌ها با تقسیم دو‌تائی تکثیر می‌یابد.

 از نظر مرفولوژیک بسیار شبیه انتامبا هیستولیتیکا است. مهم‌ترین وجه تفکیک این دو در اندازه‌ی آن‌ها است. تروفوزوئیت‌های انتامبا هارتمانی حداکثر ۱۲ و کیست‌های آن حداکثر ۱۰ میکرون قطر دارند، در صورتی که این‌ها حداقل اندازه‌های مربوط به انتامبا هیستولیتیکا می‌باشند.

 اغلب در پلاک‌های چرکی بین دندان‌ها و لثه و نیز در کریپت‌های لوزه مشاهده می‌شوند. در موکوس برونشیال و در خلط نیز ممکن است دیده شوند و در این‌صورت لازم است از انتامبا هیستولیتیکا که می‌تواند در آبسه‌ی ریوی دیده شود تشخیص و تمیز داده شود. سیتوپلاسم این آمیب ممکن است حاوی گلبول‌های قرمز بلعیده شده باشد. فرم کیستی ندارد.

 این آمیب مرحله فلاژله‌ای ندارد. می‌تواند یک عفونت مزمن سیستم اعصاب مرکزی ایجاد کند که به عنوان آنسفالیت آمیبی گرانولوماتوز شناخته شده است. همچنین یک نوع عفونت شدید چشمی بنام کراتیت آکانتامبا ایجاد می‌نماید. شکل سوم عفونتی که در انسان ایجاد می‌کند عفونت گرانولوماتوز مزمن پوست است. تهاجم به سیستم اعصاب مرکزی معمولا ثانوی به عفونت در نقطه دیگری از بدن است. بیماری معمولا تمایل به مزمن شدن دارد و اغلب اوقات در افراد ناتوان و یا مستعد از نظر ایمنی ایجاد می‌شود.
دوره بیماری آنسفالیت آمیبی گرانولوماتوز از چند هفته تا چند ماه طول می‌کشد. وجه مشخصه آن لزیون‌های گرانولوماتوز موضعی یا کانونی در مغز است. عفونت آکانتامبا غالبا از طریق ریه‌ها یا از طریق زخم‌های پوست و مخاط با تهاجم به سیستم اعصاب مرکزی از راه انتشار خونی ایجاد می‌شود. دوره کمون احتمالا هفته‌ها یا ماه‌ها طول می‌کشد و در طول این مدت یک یا چند ضایعه فضاگیر در مغز به وجود می‌آید. تغییر حالت روانی فرد یک علامت آشکار برای این بیماری است. سردرد، تشنج و سفتی گردن در نیمی از افراد دیده می‌شود. عفونت ناشی از این آمیب برخلاف نگلریا به شنا کردن مربوط نمی‌باشد.

 آمیب‌های جنس نگلریا دارای تاژک و کیست در چرخه زندگی خود می‌باشند. مرحله دارای تاژک در آب گرم است. انگل از طریق بینی یا دهان وارد می‌شود و بعد از عبور از مسیر بویائی به مغز می‌رسد و بیماری سریع و کشنده‌ای به نام مننژیت آمیبی اولیه ایجاد می‌کند.

در مرحله کیستی حاوی واکوئل گلیکوژن است. در کیست این انگل یک هسته و در یک طرف واکوئل گلیکوژن دیده می‌شود، در صورتیکه در کیست آمیب کولی این واکوئل در صورت موجود بودن اطراف هسته را احاطه کرده است. تروفوزوئیت‌ها ۴ تا ۲۰ و به طور متوسط ۹ تا ۱۴ میکرون و کیست‌ها در اندازه ۶ تا ۱۶ و به طور متوسط ۹ تا ۱۰ میکرون قطر دارند.

این آمیب و انتامبا کولی شایع‌ترین آمیب‌هایی هستند که معمولا دیده می‌شوند. اندازه‌ی تروفوزوئیت‌ها ۵ تا ۱۲ و به طور متوسط حدود ۷ میکرون است. اندازه کیست‌ها تقریبا برابر اندازه تروفوزوئیت آن است و معمولا بیضی شکل و یا گاهی اوقات کروی یا نزدیک به آن است.