این آمیب مرحله فلاژله‌ای ندارد. می‌تواند یک عفونت مزمن سیستم اعصاب مرکزی ایجاد کند که به عنوان آنسفالیت آمیبی گرانولوماتوز شناخته شده است. همچنین یک نوع عفونت شدید چشمی بنام کراتیت آکانتامبا ایجاد می‌نماید. شکل سوم عفونتی که در انسان ایجاد می‌کند عفونت گرانولوماتوز مزمن پوست است. تهاجم به سیستم اعصاب مرکزی معمولا ثانوی به عفونت در نقطه دیگری از بدن است. بیماری معمولا تمایل به مزمن شدن دارد و اغلب اوقات در افراد ناتوان و یا مستعد از نظر ایمنی ایجاد می‌شود.
دوره بیماری آنسفالیت آمیبی گرانولوماتوز از چند هفته تا چند ماه طول می‌کشد. وجه مشخصه آن لزیون‌های گرانولوماتوز موضعی یا کانونی در مغز است. عفونت آکانتامبا غالبا از طریق ریه‌ها یا از طریق زخم‌های پوست و مخاط با تهاجم به سیستم اعصاب مرکزی از راه انتشار خونی ایجاد می‌شود. دوره کمون احتمالا هفته‌ها یا ماه‌ها طول می‌کشد و در طول این مدت یک یا چند ضایعه فضاگیر در مغز به وجود می‌آید. تغییر حالت روانی فرد یک علامت آشکار برای این بیماری است. سردرد، تشنج و سفتی گردن در نیمی از افراد دیده می‌شود. عفونت ناشی از این آمیب برخلاف نگلریا به شنا کردن مربوط نمی‌باشد.