از نظر مرفولوژیک بسیار شبیه انتامبا هیستولیتیکا است. مهم‌ترین وجه تفکیک این دو در اندازه‌ی آن‌ها است. تروفوزوئیت‌های انتامبا هارتمانی حداکثر ۱۲ و کیست‌های آن حداکثر ۱۰ میکرون قطر دارند، در صورتی که این‌ها حداقل اندازه‌های مربوط به انتامبا هیستولیتیکا می‌باشند.