این روش امروزه به نام «توالی‌یابی سنگر با الکتروفورز مویرگی» با دو جزء روش شناختی (متددولوژیک) شناخته می‌شود.

در جزء اول، که در بالای شکل نشان داده شده است، قطعات DNA ورودی در یک ماتریکس حاوی DNA پلیمراز و نوکلئوتیدهای آزاد قرار می‌گیرند و اجازه داده می‌شوند تا با PCR تکثیر شوند. این واکنش همچنین شامل یک نسخه اصلاح شده از هر نوکلئوتید است که با یک فلوروفور تحریک‌پذیر برچسب‌گذاری شده است که دارای کد رنگی است و همچنین از نظر شیمیایی اصلاح شده است به طوری که وقتی چنین پایه‌ای ترکیب می‌شود، هیچ باز دیگری نمی‌تواند پس از آن ترکیب شود.

این کار تکثیر PCR قطعه DNA را در نقطه‌ای که این نوکلئوتید در آن ترکیب می‌شود، خاتمه می‌دهد.

در این واکنش، هم جفت بازهای نرمال و هم نسبت کمتری از جفت بازهای اصلاح شده وجود دارد، به طوری که برای مثال، هم یک گوانین معمولی و هم یک گوانین اصلاح شده وجود دارد.

 در نتیجه، در هر موقعیت پایه‌ای که PCR سعی می‌کند یک جفت باز مکمل اضافه کند، این احتمال وجود دارد که یک باز طبیعی به دست بیاورد و ادامه دهد، یا اینکه یک باز اصلاح شده دریافت کند و خاتمه یابد.  به همین دلیل، مرحله PCR منجر به بخشی از تقویت PCR می‌شود که در آن، برای هر باز، مقداری از قطعات DNA وجود دارد که به آن باز ختم می‌شود و بنابراین، قطعاتی که با نوکلئوتید کد رنگ مربوطه به پایان می‌رسند.

در جزء دوم، این مخلوط از قطعات سپس به یک سیستم مویرگی پر از ژل تزریق می‌شود. جایی که آن‌ها بر اساس اندازه جدا می‌شوند، با قطعات کوچکتر سریعتر از قطعات بزرگتر حرکت می‌کنند. این به اندازه کافی دقیق است تا قطعاتی را که به اندازه یک باز با هم تفاوت دارند از هم جدا کند.

یک لیزر در انتهای مویرگ قرار دارد تا فلوروفورها را تحریک کند و هر قطعه طول موج مرتبط با برچسب نوکلئوتیدی پایانی مربوطه را منتشر می‌کند.  این منجر به ایجاد یک سری از رنگ‌ها می‌شود که بر اساس اندازه مرتب شده‌اند و از آنجایی که ترتیب اندازه نشان دهنده ترتیب باز است، این سری رنگ را می‌توان به عنوان توالی از بازها به نام "الکتروفروگرام" خواند.