در این روش سلول‌های منفرد به گونه‌ای جدا می‌شوند که RNA مربوطه آن‌ها می‌تواند توالی‌یابی شده و در سطح تک تک سلول‌ها مشخص شود. اولین نمونه‌های بافتی تحت تفکیک سلولی قرار می‌گیرند که منجر به سوسپانسیونی متشکل از سلول‌های منفرد می‌شود. سپس این تعلیق از طریق آماده‌سازی کتابخانه توالی با استفاده از یک ابزار تخصصی ادامه می‌یابد.

این ابزار یک دستگاه میکروسیال است (همانطور که در شکل نشان داده شده است) که یک سوسپانسیون سلول ورودی را به یک جریان خطی از سلول‌های منفرد رقیق و جدا می‌کند. سپس این جریان خطی با یک کانال میکروسیال حاوی دانه‌های اختصاصی و کانال دیگری حاوی روغن تقاطع می‌یابد.

هدف از این ابزار تولید یک سوسپانسیون آب در روغن است به طوری که هر قطره حاوی یک سلول و یک مهره باشد. نکته مهم این است که این دانه‌ها حاوی مواد لازم برای PCR رونویسی معکوس و پرایمری هستند که به دم (انتهای) poly-A در mRNA هر سلول متصل می‌شود. این به کل قطرات نمونه اجازه می‌دهد تا تحت تکثیر PCR قرار گیرند و در نتیجه تکثیر RT-PCR سلول کوچک در هر قطره انجام شود.

در نهایت، این قطرات حل شده و همگن می‌شوند و منجر به ایجاد یک کتابخانه توالی‌یابی سازگار با توالی‌یابی نسل جدید می‌شود. اما این تکنیک آماده‌سازی نمونه حاوی بارکدهای توالی‌یابی است که می‌تواند برای شناسایی منحصر به فرد قطعات DNA توالی یافته از کدام قطره شروع استفاده شود. (یعنی از کدام سلول شروع کننده). در نتیجه این روش، توالی‌یابی رونویسی (ترنس کریپتومیکس) تک سلولی را امکان پذیر می‌کند.