آمپلیکون بخشی از DNA یا RNA است که منبع و یا محصول رویدادهای تقویت  (تکثیر) است.

توالی‌یابی آمپلیکون، مشابه جذب هیبریدی است (که قبلاً ذکر شد)، از این نظر که هدف آن غنی‌سازی نمونه DNA برای مناطق خاص مورد نظر است.

در جایی که جذب ترکیبی در غنی‌سازی توالی‌یابی بسیاری از مناطق DNA مورد نظر مؤثر است، توالی‌یابی آمپلیکون برای مناطقی غنی‌سازی می‌شود که نسبتا کمتر مورد علاقه محققین هستند. اما مزیت‌هایی از جمله ارزان‌تر بودن، سریع‌تربودن و سازگارتر با اتوماسیون را دارد.

یکی دیگر از جنبه‌های مهم توالی آمپلیکون این است که ویژگی به‌طور کلی بالاتر از جذب هیبریدی برای غنی‌سازی انتخابی مناطق مورد نظر است. بنابراین، برای مواردی که هدف آن در نظر گرفتن پانل کوچک‌تری از ژن‌های هدف است و این کار در بسیاری از نمونه‌ها انجام می‌شود، معمولاً توالی‌یابی آمپلیکون ترجیح داده می‌شود.

توالی‌یابی آمپلیکون از PCR برای تقویت ویژه مناطق هدف استفاده می‌کند.

همانطور که در شکل نشان داده شده است، پرایمرها برای اتصال به مناطق شناخته شده مورد علاقه طراحی شده ‍‌اند.

با استفاده از PCR که توسط این پرایمرها هدایت می‌شود، تنها ناحیه خاص DNA نمونه مجاور پرایمرها تقویت می‌شود و در نتیجه نمونه‌ای برای توالی‌های DNA کوتاهی که مناطق مورد نظر را پوشش می‌دهد غنی‌سازی می‌شود و سپس با PCR کمیت آن افزایش می‌یابد.

این توالی‌های کوتاه DNA که محصول تکثیر هستند، به نام «آمپلیکون‌ها» شناخته می‌شوند، سپس اغلب به‌عنوان کتابخانه‌ای برای توالی‌یابی DNA (که در بخش‌های بعدی بحث می‌شود) محسوب می‌شوند.