هیبریداسیون فلورسانس درجا (FISH) یک تکنیک به خوبی تثبیت شده برای تشخیص ناهنجاری‌های ساختاری ژنومی متعددی است. این ناهنجاری‌های ساختاری ژنومی شامل حذف، درج و جابجایی (ترنس لوکاسیون) مرتبط با مواد ژنومی است که از دست داده شده ، به طور اضافی کپی شده است، یا به مکان‌های دیگر در ژنوم منتقل شده است.

به این ترتیب، هیبریداسیون فلورسانس درجا، یک تکنیک رایج در تشخیص سرطان است زیرا بسیاری از سرطان‌ها دارای تغییرات ژنومی شناخته شده‌اند.

تکنیک FISH  شکل جابجایی ژن‌ها را در نمونه‌ای از سلول‌های سرطانی نشان می‌دهد.

FISH ابتدا مجموعه‌ای از توالی‌های کوتاه DNA را ایجاد می‌کند که نشان‌دهنده هدف مورد نظر است، مانند ژنی که معمولاً در یک سرطان خاص جابه‌جا می‌شود.

این توالی‌های کوتاه "کاوشگر"  یا پروب نامیده می‌شوند و با افزودن یک برچسب فلورسنت به هر قطعه اصلاح (تغییر داده) می‌شوند.

اساس این آزمایش این است که پروب‌های نشاندار شده با فلورسنت به طور خاص به ناحیه ای در DNA نمونه که مکمل آن هستند متصل می‌شوند و وجود برچسب فلورسنت حضور، فراوانی و مکان کروموزومی توالی هدف را نشان می‌‌دهد.