فلوسیتومتری برای شناسایی و شمارش سلول‌های منفرد استفاده می‌شود. سلول‌های منفرد بر اساس اندازه، شکل و ترکیب بیوشیمیایی یا آنتی‌ژنی مشخص می‌شوند.

در فلوسیتومتری، سلول‌ها در یک جریان واحد از طریق یک کانال جریان می‌یابند. در اینجا سلول‌ها در معرض یک پرتو نور قرار می‌گیرند که بر اساس ویژگی‌های سلول‌های منفرد در همه جهات پراکنده می‌شود.

جهت پراکندگی، نشان دهنده تفاوت در اندازه سلولی و گرانولاریتی در میان سایر پارامترها است.

فلوسیتومتری همچنین می‎تواند برای مرتب سازی جمعیت‌های مختلف سلولی برای جمع آوری و مطالعه بیشتر استفاده شود.

در این روش، از آنتی‌بادی‌های مونوکلونال برچسب‌گذاری شده با ترکیبات رنگ‌های مختلف استفاده می‌شود. این آنتی‌بادی‌ها می‌توانند برای شناسایی سلول‌ها از انواع مختلف در یک جمعیت سلولی مخلوط استفاده شوند.