به کمک تست الایزا می‌توان آنتی‌بادی‌ها یا آنتی‌ژن‌ها را در نمونه بیمار تشخیص داد.

برای آزمایش تشخیص آنتی‌بادی‌ها، آنتی‌ژنی که آنتی‌بادی به آن متصل می‌شود در کف یک حفره از پلیت کشت بافت، ثابت می‌شود.

سپس سرم بیمار به حفره کوچک اضافه می‌شود و اگر آنتی‌بادی وجود داشته باشد، آن آنتی‌بادی به آنتی‌ژن متصل خواهد شد.

سپس یک آنتی‌بادی آنتی‌هیومن  که متصل به آنزیم است اضافه می‌شود. اگر اولین آنتی‌بادی به آنتی‌ژن ثابت شده روی پلیت متصل شده باشد، می‌توان آن را توسط آنتی‌بادی دومی که آنزیم به آن متصل است، شناسایی نمود. سپس سوبسترای آنزیم متصل به آنتی‌بادی اضافه شده و یک محصول رنگی تولید می‌شود. مقدار آنتی‌بادی موجود متناسب با میزان تغییر رنگ خواهد بود.

برای شناسایی آنتی‌ژن‌ها، آنتی‌بادی‌هایی که به آنتی‌ژن‌های مورد نظر گرایش دارند، در ته حفره ثابت می‌شوند. به این ترتیب می‌توان یک پروتئین، هورمون، دارو یا ترکیب دیگری که به عنوان آنتی‌ژن در آزمایش عمل می‌کند را شناسایی کرد.

پس از اینکه آنتی‌ژن به آنتی‌بادی ثابت شده روی سطح متصل شد، یک آنتی‌بادی دوم که مخصوص لیگاند نیز می‌باشد، اضافه می‌شود. به این ترتیب، لیگاند مرکز یک "ساندویچ" آنتی‌بادی است. دومین آنتی‌بادی اضافه شده به حفره دارای آنزیمی است که به آن مرتبط است.

برای تشخیص، در مرحله آخر، بستر آنزیمی که به آنتی‌بادی متصل است به حفره اضافه می‌شود.

اگر آنتی‌ژن مورد نظر وجود داشته باشد، یک محصول رنگی تولید می‌شود که از نظر شدت متناسب با مقدار آنتی‌ژن است.