گروه بندی قارچ‌های ساپروفیت بر اساس مشخصات هایفی و اسپورهای آن‌ها :

A- قارچ‌هایی که هیف آن‌ها بدون دیواره عرضی است (فیکومیست یا زیگومیست)، تولید مثل غیر جنسی با ایجاد اسپورانژیوم sporangium محتوی اسپور مشخص می‌شود و در تولید مثل جنسی سلول‌های جنسی زیگوسپور
Zygospore بوجود می‌آیند.
الف- آن‌هایی که بطور شایع از بیماران جدا می‌شوند: گونه‌های آبسیدیا، موکور، رایزوپوس.
ب- آن‌هایی که بندرت از بیماران جدا می‌شوند: گونه‌های سیرسینلا، کانینگهاملا، سین سفالاستروم

B- قارچ‌هایی که هیف آن‌ها واجد دیواره عرضی بوده و رنگی هستند (Dematiaceus)
الف- آن‌هایی که دارای ماکروکونیدیای چند سلولی با دیواره‌های (فقط عرضی) هستند: گونه‌های کوروولاریا، هلمنتوسپوریوم، اورئوبازیدیوم
ب- آن‌هایی که ماکروکونیدیای چند سلولی با دیواره عرضی و طولی دارند: گونه‌های آلترناریا، اپی کوکوم، استمفیلیوم، اولوکلادیوم
ج- آن‌هایی که دارای کنیدی‌های تک سلولی می‌باشند: گونه‌های کلادوسپوریوم (کونیدی‌های زنجیره‌ای ساده یا منشعب)، نیگروسپورا (کونیدی‌های منفرد در انتهای کونیدیوفور)

C- قارچ‌هایی که هیف آن‌ها شفاف و دارای تیغه میانی است:
الف- تال زایشی آن‌ها منشعب است و دارای ساختمان پنی سیلی یا مسواکی شکل هستند: گونه‌های پنی سیلیوم، اسکوپولاریوپسیس، پسیلومایسس، گلیوکلادیوم
ب- آن‌هایی که کونیدی یا اسپورها‌یشان بصورت مجتمع (Clump) برروی کونیدیوفورهای ساده یا منشعب ایجاد می‌شوند: گونه‌های تریکودرما، فوزاریوم، سفالوسپوریوم، ترکیوتشیوم

D- قارچ‌هایی که پیکنیدیوم (Pycnidium) یا کلیستوتشیوم (Cleistothecium) تشکیل می‌دهند:
گونه‌های آسپرژیلوس، مونوسپوریوم آپیوسپرموم، فوما، کتومیوم

E- قارچ‌های ساپروفیتی که از لحاظ شکل ظاهری شبیه قارچ‌های بیماری زا می‌باشند:
گونه‌های ژئوتریکوم (مشابه کوکسیدیوایدس ایمیتیس)، کرایزوسپوریوم (مشابه با بلاستومایسس درماتیتیدیس)، سپدونیوم (مشابه با هیستوپلاسما کپسولاتوم)