باکتری‌ها ارگانیسم‌های تک سلولی هستند که به عنوان پروکاریوت‌ها شناخته می‌شوند. این نوع از میکرو ارگانیسم‌ها فاقد غشاء هسته بوده و توسط تقسیم ساده تکثیر می‌یابند. اغلب آن‌ها زندگی آزاد داشته و به استثناء تعداد کمی اطلاعات ژنتیکی، تولید انرژی و سیستم‌های بیوسنتز مورد نیاز خود را جهت رشد و تولید مثل در اختیار دارند.

دو گروه مختلف اوو باکتری (باکتری‌های واقعی) و آرکا باکتری (باکتری‌های قدیمی) در پروکاریوت‌ها وجود دارد. اووباکتری‌ها حاوی باکتری‌های شایع‌تری هستند که باکتری‌های بیماری‌زای انسان در این گروه وجود دارند.آرکا باکتری‌ها، پپتیدوگلیکان تولید نمی‌کنند. بر اساس آخرین طبقه‌بندی کتاب باکتری‌شناسی سیستماتیک برجی سلسله پروکاریوت‌ها به چهار بخش بزرگ تقسیم می‌شوند.

1. اووباکتری‌های گرم منفی حاوی دیواره سلولی

2. اووباکتری‌های گرم مثبت حاوی دیواره سلولی

3. اووباکتری‌های فاقد دیواره سلولی

4. آرکا باکتری‌ها

اووباکتری‌های گرم منفی حاوی دیواره سلولی

این دسته از باکتری‌ها گروه ناهمگونی را تشکیل داده که حاوی پوشش سلولی پیچیده هستند که در آن یک غشای خارجی، یک غشای داخلی و لایه نازکی از پپتیدوگلیکان وجود دارد. برخی از اعضای این دسته از باکتری‌ها انگل‌های اجباری درون سلولی هستند. در این گروه باکتری‌های کروی، بیضوی، باسیل مستقیم یا خمیده، مارپیچی یا رشته‌ای وجود دارند.

از مهم‌ترین اعضای این گروه که در پزشکی حائز اهمیت می‌باشند در زیر ذکر شده است:

باسیل‌های گرم منفی بی‌هوازی اختیاری (انتروباکتریاسه)

باسیل‌ها و کوکسی‌های گرم منفی هوازی و میکروآئروفیل (بوردتلا، آلکالیژنس، بروسلا، فرانسیسلا، لژیونلا، موراکسلا، نایسریا، سودوموناس، روکالیما)

اسپیروکت‌ها (ترپونما، بورلیا و لپتوسپیرا)

باکترهای گرم منفی هوازی یا میکروآئروفیل متحرک مارپیچی و خمیده (کمپیلوباکتر، هلیکو باکتر و اسپیریلوم)

باسیل‌های گرم منفی بی‌هوازی (باکتروئیدها، فوزوباکتریوم و پرووتلا)

ریکتزیاها

کوکسیلا

کلامیدیاها

اووباکتری‌های گرم مثبت حاوی دیواره سلولی

این باکتری‌ها دارای دیواره سلولی از نوع گرم مثبت می‌باشند. با کتری‌ها کروی، باسیلی یا رشته‌ای هستند. برخی از اعضای مهم این گروه شامل موارد زیر است:

کوکسی‌های گرم مثبت (استافیلوکوک، استرپتوکوک و انتروکوک)

باسیل‌های گرم مثبت اسپوردار (باسیلوس و کلستریدیوم)

باسیل‌های گرم مثبت بدون اسپور (کورینه باکتریوم، اریزیپلوتریکس و لیستریا)

مایکوباکتری‌ها (مایکوباکتریوم)

اکتینومایست‌ها (نوکاردیا، استرپتومایسس و رودوکوکوس)

اووباکتری‌های فاقد دیواره سلولی

این گروه از باکتری‌ها دیواره سلولی ندارند. تحت عنوان مایکو پلاسما شناخته می‌شوند. بر اساس مسکن طبیعی و نیاز به کلسترول، ۶ جنس مختلف در این گروه شناسایی می‌شوند. اما دو جنس مایکوپلاسما و اوره پلاسما از نظر بالینی حائز اهمیت می باشد.

آرکا باکتری‌ها

این ارگانسیم‌ها فاقد پپتیدوگلیکان بوده، بعضی از آن‌ها ساکن زمین، خاک و محیط‌های دریایی هستند. برخی دیگر در دستگاه گوارش حیوانات زندگی همزیستی دارند. در این دسته شیمو لیتو تروف‌ها، هتروتروف‌ها وجود دارند. این باکتری‌ها شامل موارد زیر هستند:

متانوژن‌ها

احیاء کننده‌های سولفات قدیمی

آرکا باکتری‌های شدیداً نمک دوست

آرکا باکتری‌های فاقد دیواره سلولی

متابولیزه کننده‌های سولفور شدیداً ترموفیل

رنگ‌آمیزی اسید فاست از گونه‌ی مایکوباکتریوم